なぞのウイルスが感染拡大し、病が人々をおそう！ 動物がウイルスを運んできた可能性が高く、感染拡大をふせぐためXベンチャー調査隊は原因を調べることに。しかし、調査中にジェイクもウイルスに感染してしまう…！ 果たして感染経路

ジェイクたちは、海の上にある巨大なロボットアカデミーを訪れる。恐竜を現代に連れてきたチームとして周りのみんなから白い目で見られるし、階級は一番下！　無人島での訓練でも、ジェイクたちばかりねらわれる！

人間の知能と恐竜の力をあわせ持った危険生物、恐竜キッドとの戦いははげしくなるばかり。そこで、ターゼンが引きつれてきた動物たちにビルが開発した強化スーツをつけて反撃に出るが…!? 時空を超えた決戦、ついにクライマックス！　

過去と現在をつなぐタイムトンネルにトラブル発生。現代に恐竜や古代生物が現れた！　恐竜たちが暴れまわり、町は大パニックに。町を守るためにジェイクやレインたちが戦うなか、ルイスの活躍でXベンチャー調査隊内にいる謎のスパイの正

ジュラ紀に飛ばされたレインたちは、遺伝子を操作された恐竜におそわれるが、ジェイクやロッキーたちの協力によって現代へ向けてタイムワープする。 しかし、ワープした先は20年前の世界だった。 そこでXベンチャー調査隊員らしき人

石炭紀にやって来たレインたちは、謎の植物に操れられた巨大な動物に襲われながらも、ダビンチ博士の場所までたどりつく。一方、研究所ではジェラルド博士が透明恐竜のDNAを使い動物実験を始めていた。

ジェラルド博士に疑惑をいだくジェイクたちは研究所から姿を消す。レインたちはダビンチ博士をさがす任務から外されるが、古いタイムマシンを使ってこっそりと博士がいる白亜紀にタイムワープをする。見えない恐竜の魔の手からのがれ、X

ジェイクチームとレインチームが結集して、第四紀で猿人とバトルだ！ ダビンチ博士を現代に戻すのに必要な装置を手に入れるため、第四紀に向かったレインたち。しかし装置は謎の猿人によってぬすまれ、さらにはレインたちも猿人につかま