2014年4月、日本。未知の素粒子「エキゾチックマター（XM）」を独自に研究する「高エネルギー加速器研究機構」から、すべては始まった。『啓示の夜』の再来。そしてエンライテンドとレジスタンス、二陣営の激しく壮大な戦いの幕開