平和な時が過ぎていくノルエンデ村で、突然、現れた大穴。すべてが飲みこまれ、たったひとり生き残ったティズは、崖で祈りを捧げる巫女・アニエスと出会う。アニエスは、大穴が出現したのと同時に闇に飲まれたクリスタルを解放して大穴を塞ぐため、クリスタルの精霊エアリーと共に世界を浄化するために旅立つ。その旅に同行するティズ。さらに、未来の出来事が書かれた「Dの手帳」を持つリングアベル、公国の非道な手段に反発し、追われる身となったイデアを仲間に加え、彼らの運命の旅が始まる。その旅が世界を救うことと、ただ、信じて――。