「聖杯」を巡る戦いが、ここに幕を開ける！
衛宮士郎はかつて自分の命を救ってくれた養父のような正義の味方になることを夢見ていた。ある日、謎の男たちを目撃したことで命を狙われ、絶体絶命のその時、彼の命を救ったのはセイバーを名乗る一人の少女だった。