時は1998 年。古代兵器の調査を行うアジュールドラゴン、チームアマテラスのもとに遺跡へ潜入していた仲間のレンジャーから無線が入る。
それはレンジャー全員の消息が途絶えたという悲痛なメッセージであった。
行方不明になった仲間の捜索で遺跡群へ向かった黎とノアだが、 2人の前に古代の生物兵器が現れる。
生物兵器の予想を超える能力に苦戦する黎とノア。 2人は生物兵器を破壊し無事帰還を果たせるのか。