2016年――気弱な男子高校生・時坂のぼるは、夏休みを利用して、友達と旅行を楽しむ予定だった。ところが船で移動中、遭難してしまう。友達の行方もわからない中、海上で不思議な男・シャラクと出会う。英国海軍の船長だと名乗るその男は、幽霊船を追いかけていると言い…!?　のぼるは、1804年のナポレオンによるヨーロッパ制圧が進む大航海時代へとタイムリープしていたのだ！　特殊任務を背負う海軍、暗躍する不気味な海賊、そして全ての秘密を握る稲妻をまとう幽霊船――。瀬川はじめが贈る、大海原の壮大なタイムリープ・クロニクル始動！