瞳に宝石を宿し、特殊な能力を持つ「宝石様」が生まれる世界。 宝石様は「宝石箱」と呼ばれる広大な屋敷に住み、人々の願いを叶えることを務めとしている。 新たに宝石箱へやって来たのは、美しい宝石とは程遠い、鉄鉱石を瞳に宿した少女・ユニ。 宝石様として暮らし始めたものの、思うように人の役に立つことができないでいた。 そんななか出会った、「宝石殺し」と噂される宝石様・アレクレアは、 宝石箱の知られざる闇を追っているようで――？ 共に真実に近づくため、ユニはアレクレアを手助けしながら、様々な宝石様に出会っていく。 やがて自身が、世界を変える存在になるとは、まだ知らずに……。